L'histoire commence à des temps anciens très anciens bien avant le combat de Pain contre Jiraya et itachi Sasuke.
Konoha
Jiraya était nommé pour devenir l'Hokage il accepta le post mais parti à la recherche de tsunade.Pour que celle-ci dirigent Konoha en son absence car l'ermite pas-net avait déjà dans l'idée d'entrainer Naruto en dehors de Konoha.Revenu à Konoha, il demanda à un shinobi de rang anbu de partir à la recherche d'un deserteur de Konoha possédant le Byakugan du nom de Myrozashi.L'anbu étant charger de cette mission fit parti du clan Inuzuka nommé Shiro.Par la suite il y eu d'autre deserteur de konoha dont 2 possédant le Sharinga:Sasuke et Yuki.
Kyubi appartient au dénommer Angelost qui a cquis la maitrise de ce renard.Puis fint la plus grande surprise de l'histoire Madara refit son apparition mais ne voulant plus détruire Konoha du moins c'est ce qu'il voulait faire croire
Puis Naruto parti avec Jiraya,ils prirent avec eux Angelost pour sa maitrise de kyubi et Naruto étant pour sa maitrise de nouveau jutsu tels que l'oodama rasengan.
2ans et demi s'écoulèrent.Entre temps Shiro s'exila de Konoha pour partir à la recherche de son ami d'enfance.
Kiri:
La mizukage laissa sa place à un jeune ninja plein d'ambition :Ryo akoawa.A Kiri il y avait un jeune jinchuriki de Gobi;Héji.
Suna:
Gaara devint Kazekage et ne fut pas capturer par l'akatsuki mais il donna son poste à un ninja plus agé que lui du nom de Thoz.Celui-ci se maitrisant le shoton.
Kumo:
Le Raikage Aa malgré sa puissance et son honneur laigua son poste lui aussi à un très jeune shinobi que l'on appelle Kisai
Iwa :
Le vieux Tsuchikage ut prendre sa retraite mais ne trouva personne à qui laigué son poste alors une jeune shinobi de rang junnin le remplaca à son poste en entendant qu'un shinobi puissant pris la place de kage qui lui et dû.
2ans et demi plus tard:
Jiraya revint au village avec les 2 autres shinobi.Pour tous les autres pays rien de spécial.
L'akatsuki n'attaqua pas Suna donc Naruto n'a pas dû rendre visite à son veille ami.Donc Sasori resta en vie tout comme la vieille Chiyo.
Sasuke tua Orochimaru , Kabuto s'injecta les parties d'Orochimaru.Sasuke format un groupe de 4 personne nommé Hébi référence au serpent.Juste après être former un ninja avec un chien devint le chef d'Hébi s'était Shiro,celui-ci quittera sous peu Hébi.
Quand à Myrozashi,il devint le chef de l'akatsuki 1an après avoir quitter Konoha.Mais il laissa sa place de leader à Pain juste après la visite de 2 membres d'Hébi.